唯有正確地使用和操作好冷藏車，才可以夠保證貨物的完好運送和保存。一部合格的冷藏車，要保證車廂六面有較好的通風條件，沒有阻礙。良好的空氣流通，是保證貨物適宜溫度的關鍵要素。冷凍機組吹出的冷（熱）氣體將外界進入車廂的冷（熱）源與貨物隔絕開時，才能保護貨物品質。如果廂體內的某一位置發生阻塞，該部分的冷（熱）源就會直接進入物品，導致貨物溫度發生變化。同時，還要確保回氣遮板狀況良好，不要阻塞蒸發器的入口（回風），回風不足會產生冷風不規則循環，造成廂體內溫度不一致，頂部貨物會結冰。

冷藏車裝貨不能將貨物堆得太高, 一定要保證裝貨高度不高于出風口的平面高度。因為，如果出風口前面被貨物擋住或離貨物太近，不但會影響貨物的儲運溫度，還會影響冷凍機組的正常工作。由于出風口被貨物堵塞，冷氣( 或熱氣) 不能正常在車廂內循環，因而使貨物局部溫度升高。另一方面，由于冷凍機組的除霜設計采用空氣感應除霜的方式,當貨物與出風口太近時，機組蒸發器內的盤管會快速結霜( 或冰)，空氣感應開關隨即運作，機組會迅速進入除霜狀態，而當溫度回升到9℃時，除霜又立即結束，這樣循環往復的除霜操作，會導致廂體內溫度降不下來，加大設備的耗損。

要知道，冷藏車的制冷機組不是用來降低貨物溫度的，而是維持貨物溫度的。當外界的冷（熱）源通過輻射、傳導、對流到廂體內，被制冷機組吹出的冷氣帶走，才能隔絕熱源進入貨物。因此在裝貨時，必須先測量所裝貨物的溫度。如果制冷機組的設定點溫度高于或低于貨物溫度，車廂內的貨物溫度就很難達到需要的溫度。而貨物的儲存溫度與運輸溫度必須一致，如果溫度經常變化，會導致貨物水分流失，使貨物發生品質變化，縮短貨物的貨架期。

使用冷藏車時，還要注意保持車廂內部的潔凈。由于蒸發器風扇的作用，空氣會在車廂內循環，導致地面的碎削或灰塵被蒸發器風機吸入。長期如此，會使大量的雜質吸入到蒸發器盤管內，盤管被雜質包圍起來，熱交換率就會下降。所以，冷藏車使用幾年后，用戶通常會感覺制冷效果不如從前，除車輛本身故障外，則是因為盤管太臟所致。因此保證車廂地面的潔凈是保證制冷機組正常工作的關鍵。